TOPIXと日経225の主な違いは、組入銘柄数と銘柄ウェイトおよび平均値の算出方法です。
TOPIXの値は東証一部に上場する2,000を超える全銘柄の時価総額加重平均値(時価総額が大きい銘柄ほどウェイトが高くなる計算方法)によって決定されます。対して、日経225は日経新聞社が選定した225銘柄の株価平均(株価が高い銘柄ほどウェイトが高くなる計算方法)によって決定される仕組みとなっています。
それぞれの組み入れ銘柄上位10社は以下の通りです。
出所:eMAXIS Slim 国内株式(TOPIX)月次レポート 2024年2月29日現在出所:eMAXIS Slim 国内株式(日経平均)月次レポート 2024年2月29日現在
過去のTOPIXと日経225
両者の過去の値動きは以下の通りです。

TOPIXと日経225どっちが有利?
正直、どちらが有利かどうかはわかりません。
ただ確実に言えるのは、手数料が安い投資信託およびETFの方がパフォーマンスは高くなりやすいということです。
あとは好みの問題で、私は日経平均の算出方法より「時価総額加重平均」という計算方法が好きですが、2000社を超える銘柄を組み入れるのは数が多すぎるため、S&P500のようにROEや将来性の高い企業を数百社に絞った指数の方が将来性は高い気がしています。
最近出来た指数で言えば、JPXプライム150指数です。
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